После отключения nginx в возможностях ISPmanager и включения его заново, не работает fcgid.
В итоге я оставил один только апач, восстановил конфиг
apache.conf из бэкапа.
И тут возникала первая проблема, порт apache2 после связки с nginx остался 81, это решить просто:
# vim /etc/apache2/ports.conf
Listen 80
# service apache2 restart
Однако после включения апача модуль fcgid не работал, хотя был подключен, решается это так:
# vim /etc/apache2/mods-available/php5.conf
#<FilesMatch ".+\.ph(p[345]?|t|tml)$">
# SetHandler application/x-httpd-php
#</FilesMatch>
# service apache2 restart
via