yum: DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery

При попытке обновлении или другими операциями с yum появляется ошибка:
# yum update php
rpmdb: Thread/process 2805/139925463848704 failed: Thread died in Berkeley DB library
error: db3 error(-30974) from dbenv->failchk: DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery
error: cannot open Packages index using db3 -  (-30974)
error: cannot open Packages database in /var/lib/rpm
CRITICAL:yum.main:

Error: rpmdb open failed

Побились базы, как починить:
# cd /var/lib/rpm
# rm -f __db.*
# rpm --rebuilddb
# yum update php